Prozininko, literatūros tyrinėtojo, kritiko J. Būtėno fondą sudaro memorialinė biblioteka (~10), archyvas (rankraščiai ir laiškai – ~40), nuotraukos (~160) ir meno kūriniai (2). Daugumą eksponatų muziejus gavo iš paties rašytojo. Fondas pradėtas kaupti 1976 m.
Memorialinė biblioteka: viena autorinė J. Būtėno knyga su jo dedikacija muziejui, keli prieškariniai laikraščiai („Studentas“, „Veja“).
Archyvas: J. Būtėno atsiminimai „Audros protrūkis”, jo laiškai A. Degučiui ir L. Gudaičio, K. Ambraso, V. Sirijos Giros bei kitų laiškai rašytojui.
Nuotraukos yra gausiausia ir įdomiausia rašytojo fondo dalis: pluoštas portretinių J. Būtėno fotonuotraukų, darytų 1924-40 m. Merkinėje, Kaune, kitų asmenų – su dedikacijomis: J. Marcinkevičiaus, T. Tilvyčio ir kitų. Grupinės: „Aušrininkų” konferencija Kaune 1926 m. (jis bendradarbiavo „Aušrinėje”, „Kultūroje”), J. Būtėnas su mokiniais Alytuje 1922-28 m., su P. Biržiu-Pupų Dėde 1930 m., su VDU studentais Kaune 1932 m., su rašytojais V. Mykolaičiu-Putinu, A. Vienuoliu, P. Cvirka ir kitais, J. Būtėnas rašytojų kelionių po užsienį metu, J. Paleckis, A. Vienuolis, J. Eretas su Pabaltijo žurnalistų konferencijos dalyviais 1922 m., J. Būtėnas su spaudos atstovais „Spaudos fonde” 1940 m. Yra fotonuotraukų iš minėjimų, jubiliejų (J. Būtėno 50-mečio 1958 m. ir t.t.), iš rašytojų kelionių po Suomiją 1958 m., J. Būtėno gimtųjų vietų (jo tėviškė Alytaus raj., Galintėnuose, 1939 m.).
Meno kūriniai: I. Trečiokaitės-Žebenkienės tapytas J. Būtėno portretas ir prieškarinis karpinys – rašytojo siluetas.

Parengė Vilniaus rašytojų muziejaus fondų sektoriaus fondų saugotoja Danguolė Jasinskienė